Si deve risalire alla preistoria, è infatti nel parco della preistoria di rivolta d’Adda che si diedero appuntamento alcune mamme lesbiche della mailing list di Yahoo LLI-mamme.
Tra un brontosauro, una sottiletta e un giro in trenino ha iniziato a prendere forma concreta l'idea di una associazione con lo scopo di proteggere i piccoli dai rovesci della fortuna, di creare per tutti, altre occasioni di incontro e organizzarsi nel passare informazioni e consigli.
Era il settembre 2004. Già prima dell¹estate in un campeggio della maremma c¹era stato modo di capire che nessuna era sola.

Nei mesi successivi ci si è incontrate spesso e si è ragionato sulla forma, sui contenuti, sulla natura e sul nome dell'associazione. Quasi subito si è venuta a creare una spaccatura tra quante desideravano appartenere ad una associazione di sole donne lesbiche e madri e quante intendevano creare un punto di riferimento per donne e uomini omosessuali e genitori.
Si è votato e ha prevalso l'idea di una associazione mista, largamente rappresentativa.

A questo punto il gruppo proveniente da LLI ha preso contatti con il Gruppo Genitori Gay, interno all'Arcigay di Milano, dove alcuni padri separati si incontravano periodicamente da diversi anni e ha proposto loro di convergere in una sola associazione. Dalla fusione di questi due gruppi e con 48 soci fondatori è nata Famiglie Arcobaleno, nel settembre 2005.